Lembaga yang ada di STAIA meliputi :

a. Lembaga Penelitian, Pengembangan dan Pengabdian kepada Masyarakat  yang selanjutnya disebut LP3M.
b. Lembaga penjaminan mutu disebut dengan LPM.
c. Bagian akademik dan kemahasiswaan biasa disebut dengan BAK.
d. UPT Perpustakaan.
e. UPT laboratorium dan Sarpras. 

LP3M mempunyai tugas melaksanakan, mengoordinasikan, memantau, dan menilai kegiatan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat berdasarkan kebijakan Ketua. LP3M menyelenggarakan fungsi:

a. penyusunan rencana program dan anggaran;
b. pelaksanaan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat;
c. pemantauan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat;
d. publikasi hasil penelitian dan pengabdian kepada masyarakat;
e. pelaporan dan evaluasi hasil penelitian dan pengabdian
kepada masyarakat; dan 
f. pelaksanaan administrasi lembaga.

Lembaga-lembaga diatas ditopang dengan standar operasional prosedur (SOP) sebagaimana dibawah ini :